No Setor de Classificação são feitas as provas para determinar a qualidade das amostras do café entregue nos armazéns. Depois de analisadas, classificadas e rotuladas as amostras são colocadas em arquivo, identificando o café de cada cooperado para posterior comercialização.
Uma estrutura sofisticada de rebeneficiamento, com classificadoras eletrônicas, permite a seleção do café no padrão solicitado pelas empresas compradoras. Para auxiliar na comercialização a COCATREL conta ainda com um escritório próprio em Santos. Daqui sai o café da mais alta qualidade. É o café do Sul de Minas, matéria prima obrigatória nos "blends" dos maiores mercados do mundo.