Outro ponto forte da COCATREL é a sua capacidade de armazenamento, que acompanhou o crescimento da Cooperativa. Um conjunto de armazéns, construídos sob rigorosos critérios técnicos, para conservar a qualidade do estoque, tem hoje uma capacidade estática de 1,2 milhão de sacas, significando que a cada safra podem ser recebidas, com segurança, até 2 milhões de sacas. Todo café depositado pelos cooperados está totalmente segurado, incluindo o transporte das fazendas aos armazéns da COCATREL. Esta é mais uma comodidade oferecida ao produtor.